日本试管婴儿胚胎移植手术是一个简单的手术，通常只要不到半个小时就可以结束，患者也无须麻醉和卧床休息，但是胚胎移植手术是一个很重要的步骤。必须非常小心处理胚胎。
在这个过程的每一步，胚胎学家和生育医生都必须正确处理胚胎;否则，移植失败的风险会增加。
医生会通过超声监测子宫和移植过程。而且，更重要的是，生育医生必须非常小心，不能在移植过程中损坏子宫内膜或胚胎。虽然每家医院过程都是不同的，但以下步骤是大多数医院采用的过程：
1.在胚胎学家确定胚胎准备好可以移植后，医院联系患者以安排移植时间。
2.患者到院后按照各医院流程进行身份识别。医院必须确保胚胎和患者匹配。
3.患者及其医生讨论将移植多少胚胎以及将冻结多少胚胎(如果有的话)。此时，患者签署了有关移植胚胎的程序和数量的文件。
4.生育专家将胚胎装入注射器中。
5.如果患者需要接受任何镇静剂，则在此时进行给药。
6.医生小心地将导管穿过阴道进入子宫。导管是一种小的中空塑料管。
7.将胚胎装入导管中，然后推入子宫。超声技术帮助医生和胚胎学家确保胚胎被放置在子宫内。胚胎的放置位置也很重要。
8.医生慢慢取出导管，以避免引起子宫收缩或以任何方式损坏内膜。
通常，患者不需要在胚胎移植手术后休息 - 特别是如果移植的是冷冻胚胎。然而，卵子取出过程的恢复时间可能与新鲜胚胎移植重叠。因此，一些患者仍需要恢复，因为从卵子取出到完全恢复可能需要长达两周的时间。
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